Ilija Trojanow entstammt einer bulgarischen Familie, die 1971 über Jugoslawien und Italien in die Bundesrepublik Deutschland floh, wo sie politisches Asyl erhielt. 1972 zog die Familie weiter nach Kenia, wo der Vater eine Anstellung als Ingenieur erhalten hatte. Unterbrochen von einem Deutschlandaufenthalt in den Jahren 1977 bis 1981, in denen er von 1979 bis 1981 das Staatliche Landschulheim Marquartstein besuchte, lebte Ilija Trojanow bis 1984 in Nairobi. Er besuchte die Deutsche Schule Nairobi, die er mit dem Abitur abschloss. Danach folgte ein Aufenthalt in Paris, und von 1985 bis 1989 studierte er an der Universität München Rechtswissenschaften und Ethnologie. Nachdem er dieses Studium abgebrochen hatte, gründete er 1989 in München den Kyrill-und-Method-Verlag, 1992 den Marino-Verlag, die beide auf Afrikanische Literatur spezialisiert waren. 1999 übersiedelte Trojanow nach Mumbai; in den folgenden Jahren beschäftigte er sich intensiv mit Indien. Von 2003 bis 2007 lebte Trojanow in Kapstadt; 2007 war er Mainzer Stadtschreiber. Er lebt in Wien.